日治時期，痲瘋病人過世時的骨灰並不能運出院區外頭，一定得留在院區，因此興建納骨塔，專門存放院民們的骨灰。納骨塔是東本願寺捐錢興建的，根據院民們的口述歷史提到，每年七月，院民們會敲鑼打鼓送死者的骨灰入塔，並邀請死者生前的好友加入送葬隊伍，接著在看死者生前的信仰，如果是佛教徒，就送到佛堂誦經普渡；若為基督教，則送往基督教堂進行儀式。患者過世後，屍體火化的工作也由院民們親自進行，在院區山上設有火葬場，兩位抬屍人用竹子拼成的架子將死者抬上山，再點火燒屍，火化完的骨灰再存入納骨塔。1980年代之後，院方才採取較開放的態度，若院民家屬要將骨灰拿去外面存放，已沒有限制，但許多患者的骨灰也並無特別接回家，便繼續存放在納骨塔中。