自民國八十年之後（1991年），有更多的原住民遷入此地居住，逐漸形成二百多戶原住民聚居的新村。之後，花東新村也建立相關組織，有頭目、副頭目，會長、副會長，執行長、副執行長，婦女會長、及顧問。

平日由會長綜理新村事務，頭目對外代表社區。花東新村剛成立之時，人數不多，並沒有頭目，而是由會長管理社區諸多事宜，新村人口增加之後，才於民國八十一年（1992年）選出第一任頭目。此後，每四年改選頭目、副頭目，民國八十五年（1996年）四月當選頭目是張坤山。

新村內五十歲以上的男性長老，均為顧問，花東新村仍沒有青年會，但有婦女會，常舉辦各式娛樂活動，並積極代表花東新村參與各項慶典活動，婚宴喜慶場合、同鄉會聚會及候選人競選等活動。