新建敎堂成立之後，敎會卻面臨前所未有的分裂，任職九年的黃牧師離開。樟樹敎會則由諸長老帶領舉行禮拜丶維持敎會運作。其後有位陳牧師至此任職一年三個月之後離職，敎會自八十一年（1992）至八十三年（1994）有兩年的時間處於無牧師的狀態。最後，經敎會長老在八十三年（1994）六月間，懇請原欲赴日的陳榮福牧師留任之後，陳榮福牧師取消原赴日計畫，於八十三年（1994）八月七日至樟樹敎會任職。

樟樹教會的信徒範圍，大部份的信徒是汐止鎮厚德里與忠孝里的阿美族同胞。此外，也有來自臺北市東湖區丶信義區，以及臺北縣汐止鎮的新茂社區，基隆的暖暖的敎友。這些敎友原本也居住在此區，在外地購屋之後，但仍習慣在樟樹敎會活動。敎會的信徒約有二百人，有百分之四十五來自山光社區。主日禮拜出席人數約一百二十人，佔所有信徒的三分之二。