前身為觀音亭小庵，主祀觀世音菩薩，創建於乾隆四十六（1781）年，主要出資者為王世傑。嘉慶元（1796）年由御史崎遷至巡司埔（即今址），並改名為竹蓮寺，主要由莊德出資。道光五（1825）年和九（1829）年由內公館林紹賢、林祥雲父子重建和增建。同治十二（1873）年郊商陳長水首倡捐款，再次改建。明治四十二（1909）年由信士倪光輝、蔡炎、鄭正龍、蔡淵等發起重修，為兩進兩護龍的建築。因靈驗而香火鼎盛，為新竹地區的重要信仰中心，為新竹市歷史建築。