三民國小最早籌設於明治三十八年（西元一九○五年）三月，稱為「蔴荖漏公學校」四年制，並於同年九月一日正式招生上課。明治四十五年（西元一九一二年）新校舍落成，為茅草教室。大正六年（西元一九一七年）因學童多為平地原住民，故日人改校名為「蔴荖漏蕃人公學校」。大正十一年（西元一九二二年），蕃人公學校規則廢止後，又新稱為「新港公學校」。昭和六年（西元一九三一年）四月一日，學制延長為六年制，昭和十六年（西元一九四一年）改名為「新港湊國民學校」，民國三十四年校名更改為「三民國民學校」。民國三十八年學校設三仙、和平兩分班，民國四十年兩分班皆改為分校，同年學校設置幼稚班。民國四十三年三仙、和平兩分校同時獨立。民國五十三年因應本鎮市區學童增加故設成功分校，次年成功分校獨立。民國五十七年政府實施九年義務教育，學校校名乃稱為「三民國民小學」。

三民國小位居巍峨的東海岸山麓下、浩瀚的太平洋岸邊、舉目眺望峰巒疊起碧海連天，是一個培育國家幼苗的好地方。一世紀以來，在歷任校長及老師們的苦心經營下培育出無數社會菁英，畢業學生遍佈國內外，服務於各社會階層，各盡所能貢獻國家造福人群。