臺南市立麻豆國民中學前身為「麻豆尋常高等小學校」（日人子弟學校），創校於西元1910年（明治43年，民國前2年）4月13日。學校初名「台南尋常高等小學校蕭壟分教場蔴荳分離教室」。1947年（民國36年）1月，曾文初中首任校長胡丙申調升台南縣政府教育科長，改由毛招江校長先生接掌校務。2010年（民國99年）4月13日，創校一百週年，謝振宗校長舉辦各項百週年校慶系列活動。2017年（民國106年）8月1日起迄今由蔡淑芬校長接掌校務。