屏東縣立萬丹國民中學創立於日治大正10年(1921)年4月26日,原名為「萬丹簡易農業學校」,為實業補習學校的前身。
1922年府令79號「臺灣公立實業補習學校規則」公布,學校乃於大正11年(1922)4月1日改稱「萬丹農業補習學校」。
民國34年(1945)臺灣光復後,12月19日改名為「屏東市立初級農業學校」;民國39年10月,屏東改縣,本校改名為「屏東縣立萬丹初級中學」。
民國57年實施九年國民教育,學校於8月1日奉命改為「屏東縣立萬丹國民中學」至今。
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