1959年，先總統蔣公南部行館原位於西子灣，傳聞因靠近海邊，安全防禦上有其缺點，加上夜晚海濤聲大、影響睡眠，遂另建行館於澄清湖之仁山半島上，名「澂清樓」，行館面積約12.5公頃，包括澂清樓、噴水池、運動場、侍衛大樓（現傳習齋）、及地下作戰指揮中心（現海洋奇珍園）等相關設施，為一棟簡樸建築，與得月樓遙遙相望。地下作戰指揮中心，規模與西子灣相當，也是以防核子戰為考量設計，全長約200公尺，核子防爆門重5000公斤，外鋼內鉛，可防輻射線穿透，有蔣公專用浴室、指揮辦公室、抽風機電設備等，後來指揮所荒廢日久，整修成為「海洋奇珍園」海洋生物展示館，原始軍事建材與氛圍已被展場遮掩。