牡丹社事件後，清廷派船政大臣沈葆楨來臺辦理海防事務，派淮軍統領唐定奎、副將王福祿主持，聘英籍哈務德（J.W.Harwood）總教習督造，於1876年在旗後山上完工中西合璧的砲臺。砲臺基座下大上橢圓，砲台分三區，北區為兵房，中區為指揮區，南區為彈藥庫，安置四門6.5公噸英製阿姆斯壯前膛砲，正門為中式八字牆，兩邊用磚砌囍字。1895年2月1日，旗後礟臺火藥庫大爆炸，80人遇害，軍官4人斬首，萬國標被撤職，由劉成良（黑旗軍劉永福義子）接任防務。1895年10月15日日艦「吉野」號率「秋津州」等艦，擊毀旗後礟臺門額。日軍開始登陸，迅即占領砲臺，日治末期，大砲被拆走、熔毀成為斷垣殘壁。二戰後，國軍於砲臺及燈塔之間另築碉堡。旗後礟臺在2019年2月21日被文化部指定為國定古蹟。