屏東縣立萬丹國民中學創立於日治大正10年（1921）年4月26日，原名為「萬丹簡易農業學校」，為實業補習學校的前身。
1922年府令79號「臺灣公立實業補習學校規則」公布，學校乃於大正11年（1922）4月1日改稱「萬丹農業補習學校」。
民國34年（1945）臺灣光復後，12月19日改名為「屏東市立初級農業學校」；民國39年10月，屏東改縣，本校改名為「屏東縣立萬丹初級中學」。
民國57年實施九年國民教育，學校於8月1日奉命改為「屏東縣立萬丹國民中學」至今。
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