此空間位於燕子洞的入口處,靠近海邊的地方,埋葬了許多在綠島監獄身亡的人,其中包含了各種因故死亡且沒有被親人領回、也無法送回台灣本島的受刑者與官兵。雖然它的形式是一座墓園,但因為沒有被妥善的規劃,跟著地形做埋葬,再加上長久沒有相關人士來掃墓、整理,因此逐漸形成亂葬崗的樣態。而之所以被命名為「十三中隊」,據說是因為綠島新生訓導處有十二個中隊,所以在政治受難者的心中這個埋葬難友的地方並不是俗稱的公墓,而是曾與他們共患難過的「十三中隊」。
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