昔日，埔里盆地住著兩個族群，分別是南邊的埔社以及北邊的眉社，兩個部落隔著一條溪流為界，由於該溪流比較靠近眉社，因此該族群遂以眉溪稱之，是埔里主要的溪流之一。
從埔里盆地北邊蜿蜒流過的眉溪，由於源頭在萬大與霧社的方向，因此早期先民遂以「萬霧溪」稱之，其實那是一種誤解，因為眉溪源自於力行產業道路附近，匯集了哈奔溪、東眼溪、南山溪、本部溪及石墩坑等支流之後才進入埔里盆地，屬於大肚溪的上游，而源自於萬大附近的溪流為濁水溪的上游，兩者之間並沒有關聯。
由於眉溪沿途風景優美，加上種有許多的梅樹，因此亦有人以「梅溪」來稱之。另外，在日治時期發生霧社抗日事件期間，日軍沿著眉溪一路挺進山區，而在途中與原住民發生多次爭戰，導致眉溪血流成河，因此那段時間人們遂以「楣溪」稱呼，意指倒楣不祥；而埔里資深的書畫組織「眉之溪畫會」亦以眉溪為名，顯見埔里人對眉溪的關注。