西元2008年(民國97年)捷運工程即將動工，為阻止院舍拆遷，國際愛地芽協會台灣分會於行政法院主張相關工程未進行環評而有違法之虞，然而法院一直到拆遷抗爭發生，房舍毀壞後才定下庭期。此後，因捷運機廠引發環評，樂生院民再次向法院聲請假處分，然卻已非工程之利害關係人為由遭到駁回。直到西元2020年(民國109年)，樂生院民與公民團體第三次針對樂生大門口重建工程破壞園區舊貌、工程設計不利患者、且未經環評檢驗等因素，再次提起行政訴訟及假處分。這次，樂生院民和民間團體成功在入口意象工程部分得到命暫時停工的裁定，本案訴訟則仍在最高行政法院審理當中。