西元2014年(民國103年)8月8日中科三期99年環評案達成訴訟上和解，內容略為：

一、環保署應將最高法院102年度判字第120號判決摘要及和解協議刊登於中國時報、聯合報、聯合晚報、自由時報、蘋果日報及環保署網頁，並承諾後續環評依上開判決及和解協議辦理。

二、科技部應編3000萬元及接續4年每年500萬元經費，捐助成立公益財團法人(註：即環境權保障基金會)，設董事9人，2月3日由科技部自台中市后里區農業與環境保護協會、環境法律人協會、台灣蠻野心足生態協會、地球公民基金會、台大法學院環境永續政策與法律中心所推薦之12名人選中遴選指派之，若無法從中選出足額董事，應就不同意人選敘明理由退回，由上開單位另推薦二倍人選，由科技部遴選指派之。退回以一次為限。

三、中科局應修改「中科后里園區環境保護監督小組設置要點」，就小組成員中之專家學者7人，改以公開徵詢當地居民、農民、環團意見後決定。環境監測資料及會議紀錄應於該局網站定期公開揭露。

四、中科局應將停止開發並回復原狀之可能情形，含費用及成本效益分析、所需時間，對環境及居民可能的影響等，納入二階環評之替代方案。