台灣環境保護聯盟的主要工作也包含「國內組織交流」，辦理及參與「全國NGOs環境會議」即是重要一例。
「全國NGOs環境會議」西元2004年(民國93年)由台灣環保聯盟發起，之後幾年陸續加入荒野保護協會、主婦聯盟環境保護基金會、台灣生態學會等共同合辦。每一年皆會在各地收集環境議題、舉辦分區會議、辦理大會大鳴大放，同時頒發環境保護終身成就獎得主。早期會邀請總統蒞臨大會現場，後續轉型成於特定節日（例如地球日、環境日）進入總統府與總統正面會談。這個串連NGO的組織成為環保團體交換各地環境現況的重要管道，也在重大環境抗爭之下（例如蘇花高、國光石化、三接）成為共同串聯的平台。
西元2023年(民國112年)第20屆的主辦棒子交回環盟手中，帶領12個合辦團體辦理分區、議題、提案會議，環境大會於4月7日圓滿落幕。後續並於6月5日協同環團一同入府與蔡英文總統座談，而各環境議題也將持續與各主管機關列管及溝通。
