埔里地母廟神農殿主祀神農大帝，又稱五穀大帝。神農氏古帝王也，生於姜水，以姜為姓斲木為耒，揉木為耜，始製耒耜，教民務農，故號神農氏。以火德王，又稱炎帝，起於烈山，又稱烈山氏。在位時嘗百草以作方書，療疾病，立市廛，以通貨財。初都於陳，後遷魯之曲阜，立一百四十年而崩，葬於長沙，傳八世凡五百二十年。後人尊為五穀大帝，因其嘗百草，創醫藥，又稱為藥王，民間農村及醫藥界亦奉之。

神農大帝前則分祀「三恩主」，即關聖帝君、孚佑帝君、司命真君，所謂「恩主」，為鸞堂的特殊用語，是「救世主」的意思。因為主持鸞堂的人，相信所奉神明能夠拯救世人而稱為「恩主」。
清末以來台灣經濟發展，促使台灣從移民社會轉型為文治社會，部分士紳便創設鸞堂宣講儒道，於是扶鸞轉變成度災解劫，挽回世道、救災救劫。