臺南市的校長遴選之所以出現爭議，主要原因是臺南市教育局變更了校長遴選委員會的組成，取消原本由臺南市教育產業工會派出的教師團體代表，改由「曾於教學或行政領導獲市級以上獎項之教師代表一人」派出。
1999年立法院修正「國民教育法」，建立校長遴選制度，主要希望藉由公開遴選，減少官派校長時期的關說、請託與弊端。然而，「國民教育法」雖然授權各縣市訂定校長遴選作業辦法，但地方的遴選作業仍須符合國教法立法意旨與遴選精神，絕不表示縣市政府可以恣意妄為。
在校長遴選法制化後，各地方在組成遴選委員會時普遍尊重教師組織職權，由教師組織自己推派代表進入遴選委員會，一方面可直接代表教師發聲，一方面也可減少行政部門對校長遴選作業的一元壟斷，依此，台南市政府必須向外界說明，為何以個別獲獎教師代替教師組織派出之代表？修改作業要點的正當性何在？
見諸過往爭議，高人氣的明星市長似乎總能化險為夷，而「開放政府」的宣示又為賴市長贏得許多好評，比較讓人不解的是，如果連13分之1的發言權都要封殺，還談什麼多元參與呢？