埔里天后宮的由來與平埔族群道卡斯遷移有關,海上有海盜,山區有出草的原住民,漢化的道卡斯族人擔心被獵人頭,供請天上聖母庇佑隨行,天后宮的媽祖便跟著族人搬遷到埔里。 清嘉慶20年(西元1814年)埔里發生由漢人郭百年主導的武力侵墾事件,大屠殺之後,雖經官方查辦逐出這群外來者,但埔里盆地原住民勢力式微,經由日月潭的邵族人引介,西部平原的平埔族包括道卡斯、巴宰、拍瀑拉、洪安雅、巴布薩等共5族30餘社,在道光3年到25年之間(西元1823至1845年)大量地集體遷徙來埔里開墾定居。 其中居住在現今臺中市大甲區、大安溪北岸的道卡斯族日南社族人由於生活困頓,加上咸豐2年(1852)大甲地區發生大水災,先民林阿蓮率領族人遷居埔里,因路途遙遠又有泰雅族原住民隨時會出草獵人頭,從靠海的大甲恭請天上聖母神尊隨行庇佑,果然在天上聖母的庇護下,閤家扺達埔里。
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