恒吉宮「湄洲大媽」的媽祖神像背刻著「舊祖宮分爐恆吉宮天上聖母」字樣，可知分靈俗稱「舊祖宮」的鹿港天后宮，廟方顧問高錦祥記錄是光緒三年（西元1877年）帶來埔里，該神像原先是廈門商人陳瑞芬供奉於他的商行「恆吉行」，至光緒十三年（西元1887年）結束營業時，將店面及土地奉獻建廟。 而贈地的童年，獲得通判吳本杰賜贈「厚德配天」匾額，該匾額是恒吉宮年代最久遠的的匾額，設致贈於光緒丁亥年（西元1887）仲冬（11月）。而懸掛在辦公處的古匾尚有大正甲子年（西元1924年）的三通，分別是由埔里總董暨工商舖戶同立的「母德配天」匾，總董謝仕開所敬獻的「萬古英揚」，以及信徒柯金同所立的「神昭海表」匾，這些匾額或許無法直接證明恆吉宮創建的憑據，但足以代表媽祖廟在當時社會已是重要的信仰中心。 能贈天后牌匾的一定是地方達官顯要仕紳望族，而通常地位愈高者的牌匾，懸掛的位置愈靠近媽祖的金身。