臺南縣政府縣長蘇煥智違法要求考列甲等（四條一款）設限百分之九十，臺南縣教師會力爭落實考核不應設限，全教會與縣教師會一直保持密切聯繫，提供相關文件及法令分析，但尊重縣教師會的自主運作；九十六年十一月廿一日臺南縣教師會臨時會員代表大會當日，全教會三長均到場關心並提供意見，全教會組織部及秘書也進駐台南縣全力協助，並推動後續相關修法工作。
九十七年一月三十日臺南縣教師會許又仁理事長率領該縣教師代表在全教會忠泰理事長、文賢副秘書長、會務幹部及北市教師會幹部們的陪同下，至教育部、立法院及謝長廷競選總部陳情。陳情過程分獲教育部周次長、人事處陳處長、立院教育文化委員會洪秀柱委員、民進黨李秘書長、藍副秘書長等接見回應。
臺南縣考績設限風波發生至今，全教會除召開二次記者會及陪同陳情之外，更數次行文教育部等並獲回函說明。