2006年國立高級中等學校校長遴選分別於6月1、2日召辦理職校長績優、連任審議， 6月15日辦理現任校長申請轉任他校遴選並審議新任校長遴選簡章，7月26、27、28日辦理新任校長遴選等三次遴選委會議。經遴選委員會審議結果，計有國立花蓮高中等8校校長連任、國立桃園高中等9校校長轉任他校、國立南科國際實驗高中等16校遴選出新任校長，另有2校校長因未能通過校長辦學績優考評審議未能連任。本次校長遴選都按教育部4月12日公告的「高級中等學校校長遴選聘任及辦學績效考評辦法」辦理，過程公正客觀。尤其在第三次遴選委員會遴選新任校長前，重新遴聘校長遴選委員，以避免因已召開二次遴選委員會，造成委員曝光。各校辦理校長候選人治校理念說明會時，都能秉持公正客觀態度積極辦理，可感受各校對遴選優秀校長的渴望。全國教師會曾多次對國立高中職校長遴選引發的爭議表達關切，又經最近媒體揭發過去國立高中職校長遴選確有鬻官賣爵情事，除肯定教育部本次遴選外，也建議應持續本次的公正態度，對媒體揭發的弊案進行追究查辦。