全國教師工會總聯合會整理各縣市資料時，赫然發現，苗栗縣與金門縣的國中小校長遴選，竟然是由遴選委員會選出二至三名人選後再交由縣長圏選。在中小學校長還處於官派的年代，派用校長的權力相當程度掌握在縣市首長有力人士手中，衍生關係、請託、賄賂、走後門等不法情事。「國民教育法」於1999年2月5日完成修正，賦予校長遴選法源是教育法治與校園民主的重要一步。以校長遴選為例，儘管遴選任期制均已入法，但實質上，仍有不少主管機關企圖主導校長遴選作業，歸納起來，各縣市校長遴選作業，明顯有以下共同缺失：候用校長名額太少、同額遴選情形嚴重、檯面下交易普遍、刻意壓縮教師組織參與空間、校長回任教師偏低、有力人士左右遴選結果等。然而，這些疏失再怎樣也比不上由縣長圈選校長的設計。全國教師工會總聯合會希望苗栗縣政府與金門縣政府儘快修正，回歸校長遴選精神。也要求各主管機關正視校長遴選缺失，儘速完成修正「候用校長名額太少」、「同額遴選情形嚴重」、「教師教師組織參與空間不足」、「校長回任教師偏低」等校長遴選制度的問題。