教育部2010年5月31日台國（四）字第0990089020號函回復中華民國全國教師會（簡稱全教會）反對課稅案變更配套內容後。全教會於2010年6月3日以九九全教政字第99370號函再回覆教育部，重申反對課稅配套金額變更為72億元之立場。說明大略為，全教會會員代表大會決議有關教師編制提高係依中小學教育現場之合理配置，由經費需求正可凸顯教育投資之不足與不合理。另外，國中小教育人員人事費占縣市教育經費比重偏高一節，教育部為全國最高教育主管機關，理應理解地方教育財源不足，不易編列資本門經費，所以人事費所占比例才會相對偏高，不宜反過來引用、呼應行政院主計處的說法，況且教育本為服務業，人事成本實務上就是服務業的最大支出。建議教育部未來應將國中小教育現況精準告知行政院財主單位，力爭教育經費更合理之配置；且馬總統競選政見中，將教育經費設定為逐年增加240億，不能說沒有落實編制提高之可能。並再次重申全教會並沒有與教育部達成總金額為72億元之課稅配套版本。教育部應向行政院爭取經費或由部內經費支付原配套之全部內容，以回應國中小教師多年來支持改善教育環境之立場，若片面變更配套金額將造成教師對政府改善教育環境的不信任，損害教育人員對政府之施政評價。