中華民國全國教師會（簡稱全教會）2010年5月18日九九全教政字第99301號函知教育部，全教會反對課稅案變更配套內容後。教育部於2010年5月31日台國（四）字第0990089020號函回復，內容大略為，全教會所主張應提高國小編制至2.0、國中至2.5一節，因增加教師編制人數均涉及人事費擴增問題，將增加政府人事費負擔，在目前教育經費拮据情況下，有實際困難。以108學年度臺灣地區（不含轄市及國立學校）國小總班級數49,216班，若將教師員額編制由每班1.5人提高為每班2人，每人每年所需人事費以新台幣（以下同）87.7萬元估算，則一年增加人事費粗估為216億元；國中總班級數26,154班，若將教師員額編制由每班2人提高為每班2.5人，每人每年所需人事費以87.7萬元估算，則一年增加人事費粗估為95億元，總計金額約311億元，金額過於龐大，縣市政府無力負擔，中央亦無此龐大經費得以補助縣市政府。行政院主計處也認為國中小教育人員人事費占教育經費比重偏高，應設法逐年降低。軍教取消免稅配套做法，教育部與全教會及各界研商多年，達成現有共識不易，且以「課教師，補教育」為核心理念，也已獲頗高評價與肯定，仍請依此共識，以圓滿完成本案。