中華民國全國教師會（簡稱全教會）於2008年12月14日九七全教政字第九七五六四號函，請教育部就全教會與教育部召開的前述會議之紀錄部份決議疑義回覆。教育部以2008年12月31日台國（四）第0970249286A號函覆。內容大略為教育部參照全教會之建議及考量教育部補助經費之程序，不得將經費逕撥縣市所屬學校，故同意將會議記錄修改為：「補助國中小約聘僱行政或輔導人力：平均每校補助60萬元，應參照學校實際需求，並依『中央對直轄市及縣（市）政府補助辦法』及本補助方案規定，由直轄市及縣（市）政府將經費轉撥學校進用，其餘因跨校性服務人力，得由縣市政府統籌規劃。」教育部已於2008年11月20日以台國（四）第0970226766號函將「取消軍教薪資所得免稅配套」送至行政院審議；將另送該次修正後之會議紀錄內容及2008年9月25日之會議紀錄內容至行政院審議。