自民國95年文化資產保存法修訂實施後至今，大台南市（含原台南縣及台南市）境內已指定之市定遺址共計9處地點：麻豆水堀頭遺址、道爺古墓遺址、道爺南糖廍遺址、南關里東及右先方遺址、五間厝南遺址、瘦砂遺址、旗竿地遺址、新市．木柵遺址、三分子靶場遺址等。此外，近年內亦進行了市轄範圍內考古遺址普查作業（劉益昌等，2008、2009；財團法人樹谷文化基金會，2010、2011），包含多處重要遺址：包括考古文化命名遺址，如牛稠子遺址、蔦松遺址；具學術史地位遺址，如八甲遺址、國母山遺址；以及內涵豐富、面積廣大者，如西寮、烏山頭遺址等（位置如圖 1）。