成立於民國37年，原名「台灣省立婦女教養所」，以收容貧苦無依或老弱、身心障礙、遊民、暗娼及受虐婦女等傳授技藝為主；59年遷至雲林縣斗南鎮現址，更名「台灣省立婦女習藝教養所」，並配合省府小康計畫，增辦低收入婦女技藝訓練。 為因應社會急遽變遷，組織與業務歷經數次變革。72年1月更名為「臺灣省立雲林女子習藝中心」；78年1月起配合少年福利法之公布施行，辦理違反該法少年之觀察輔導及教育，同年7月起，兼辦18歲以上中、重度、極重度智能障礙婦女收容教養業務，並於80年5月奉准改制為「台灣省立雲林教養院」。86年8月起配合兒童及少年性交易防制條例之施行，辦理違反該條例少女之輔導及教育，復於86年9月依 內政部及教育部決議辦理不幸少女多元模式中途學校業務。88年7月改隸內政部，更名為「內政部雲林教養院」；102年7月23日改隸衛生福利部，更名為「衛生福利部雲林教養院」。