金門朱子祠位於浯江書院內，是為了紀念朱子而建的祠宇。朱子為南宋著名的理學家，朱子任同安縣主簿時，曾過化金門，創設金門最早的燕南書院，教育士子。為感念恩澤，鄉人乃在浯江書院設祠供奉。 金門舊有燕南、浯洲、金山、浯江等四大書院，浯江書院是目前碩果僅存的一座。建築物原為縣丞署，清乾隆年間通判移駐馬家巷，議將衙署拆除，職員黃汝試認為可惜，出銀購買，於乾隆45年（西元1780年）改建為浯江書院，並塑朱子及先賢像供奉。次年，金門又設縣丞，新官無處辦公，經士紳捐貲，就義學基址改建為書院，並將朱子及先賢像移入新廈。新建的浯江書院，計分四落，除大庭及照壁外，由前而後分別為大門、儀門、講堂及供奉朱子的朱子祠，左右並設東、西廊學舍各八間。 金門設縣後，浯江書院改為高等小學校。民國15年（西元1926年）更名縣立浯江小學。日軍犯金時一度被軍隊借用。現存的朱子祠為三開間的歇山重簷建築，室內採疊斗式大木結構。祠宇四周設出簷廊廡，但不立簷柱。祠前有月臺伸出，供昔時祭祀之用。整體說來，色澤明朗，外觀端莊，是朱子祠給人最深的印象。