太平洋戰爭前夕，日本確立東京通信隊成為日本海軍通信圈的中樞，新庄分遣隊受高雄通信隊管轄，負責東京對西南方地區之電波與監聽任務，扮演二戰科技戰爭史上的見證角色。1937年，日本海軍設置高雄海軍通信隊，並於1941年強化台灣軍力，組織鳳山分遣隊及新庄分遣隊，負責二戰時日軍短波信息發射，取得通信。戰後，國民政府來台並由警備總司令部高雄海軍組接收，初期基地無太大改變；由航照圖發現，1970年基地面積開始縮小；1980年左右北邊及東側開始依實際需求增建其他建築物。