小溪貝塚遺址最早的調查資料始於日人土屋恭一的調查,初步得到毒山洞窟 的調查資料,而考古發掘則有劉益昌等人於1995年受高雄市政府民政局委 託進行本遺址的試掘研究工作,初步得到本遺址的地層堆積及各式出土遺 物由於遺址是沿著舊有的溪流兩側被發現的,因此就稱之為小溪貝塚。本遺址行政隸屬於高雄市鼓山區,所在區域除柴山自然公園保護區外,部分分布範園也在軍事管制區内目前大多維持原始林狀態,主要位於內惟龍泉寺西側約100公尺壽山東斜面較為平緩的坡面上。