「行政院農業委員會農業試驗所鳳山熱帶園藝試驗分所」係由「台灣總督府農業試驗所鳳山熱帶園藝試驗支所(1940年成立)」及「台灣總督府西部特用作物種苗養成所(1944年成立)」兩機構合併而成。二戰後於民國34年改名「臺灣省農業試驗所鳳山熱帶園藝試驗支所」。民國38年改隸農林廳，改稱為「臺灣省農業試驗所鳳山熱帶園藝試驗分所」，民國88年7月1日改隸「行政院農業委員會農業試驗所鳳山熱帶園藝試驗分所」，民國112年農業部成立後鳳山分所改稱為「農業部農業試驗所鳳山熱帶園藝試驗分所」。