高雄代天宮創建於民國40年(1951)，其建廟緣由，溯自昭和5年(1930)，前台南縣北門鄉蚵寮村民移居哈瑪星，自故鄉「保安宮」迎請清水祖師金身蒞境護佑，由旅高鄉親輪流奉祀，以為精神寄託。 民國38年農曆4月，經信眾集會商議建造公厝以安奉諸洞天神佛，隨即恭請「南鯤身代天府」吳府千歲暨「蚵寮保安宮」池府千歲前來主持建廟事宜。 嗣後，經吳府千歲起駕指示，擇點廟地建廟，並命名為「高雄代天宮」，奉祀「南鯤身」五府千歲、「蚵寮保安宮」池府千歲及清水祖師等神尊。