明治29(1896)年7月13日「澎湖島要塞砲兵大隊」正式成立。成員由東京灣要塞砲兵聯隊(原要塞砲兵第一聯隊)將校以下人員轉任，松岡利治續任大隊長，使用澎湖廳之廳舍的一部份作為隊部所在。其後，開始著手進行砲臺的整建工程，戰備築城與兵器相關事務則由澎湖島陸軍兵器廠及築城部澎湖島支部負責。明治35(1902)年5月1日澎湖島要塞司令部設於媽宮，成為澎湖島要塞的指揮中心，肩負澎湖島的防禦安全之責。首任司令官為中田時懋少將。明治36(1903)年6月30日，澎湖島要塞司令部新築營舍工事開工，新址就選在清領時期的大校場。 明治37(1904)年日俄戰爭爆發，澎湖地區的守備也隨著動員令升級，從平時編制升級為戰時編制，而波羅的海艦隊東來馳援，讓澎湖地區的警戒更加升級，新式大砲從日本本土運來，加上兵員擴充，甚至在波羅的海艦隊接近時，進行戒備、嚴陣以待，所幸最終雙方沒有交火。戰爭結束，編制恢復為平時狀態。明治40(1907)年澎澎島要塞砲兵大隊更名為澎湖島重砲兵大隊，明治41(1908)年新營舍竣工，重砲兵大隊遷入新址，即為「澎防部建築群」現址。要塞司令部與重砲兵大隊各自有屬於自己的營門，兩個營區中間則有通道相連。