大正2年(1913)，臺灣總督府於今花蓮縣鳳林鎮一帶建立第三座官營移民村─「林田村」。為了提供從日本內地來此的日本移民生活上的需求，陸續規劃小學校、醫療單位等設施。 宗教部分，大正3年(1914)，當地移民為了宗教上的需求與寄託，林田神社氏子總代表笠井寬二、酒井龜太郎及清平福平等三人，擬於花蓮港廳奉鄉林田村建立神社，於是向臺灣總督佐久間左馬太提出「神社建立申請書」。隔年神社順利動工，並在同年6月6日舉行鎮座儀式。 當時，林田神社一直是移民村內最重要的信仰中心。到了昭和16年(1941)因日本發太平洋戰爭，臺灣總督府在臺實行「皇民奉公運動時期」，除了要求臺灣人改日本名之外，更要求臺灣人民不得祭拜臺灣原有的民間信仰，必須到神社參拜及神社舉行婚禮，接受神官的祝福等儀式，一直到終戰為止。 昭和19年(1944)年10月開始，一直到昭和20年(1945)年7月間，花蓮各地遭受到盟軍連番式的空襲，當時的林田神社社務所也遭受到嚴重的波及，毀於戰爭引起的火災。 戰後，神社一度被改為「鳳林區忠烈祠」，除了沿用日治時期神社設施外，祭神則由當時的日本神祇改為黃花崗七十二烈士。每年三月二九日青年節時，鳳林鎮各級單位及學校都會派員參加紀念大會。根據耆老的回憶，兒時，由老師帶領到忠烈祠來參拜，參拜前得先排隊，然後到手洗舍洗手，洗完手後再到原神社拜殿前的空地排隊，由老師代表向革命先烈致敬。 民國61年(1972)日本與臺灣斷交之因素，內政部於民國63年(1974)2月25日「臺內民字第573901號函」中，發佈《清除臺灣日據時代表現日本帝國主義優越感之殖民統治紀念遺跡要點》，其中第一項明文規定「1 . 日本神社遺跡應即徹底清除」。當時全臺大部分的神社都在此時期遭到破壞。其中，也包括林田神社在內。