土庫順天宮創始於清順治初期，初始為「土埆廟」，清道光十四年（1834）集資動工興建前殿，六年後（1840）興建後殿，咸豐二年（1852）地方仕紳重修前殿，建敬聖亭及左廂，光緒二年（1876）籌資興建右廂，歷經百餘年，廟宇漸露出破損模樣，地方仕紳顏丁全、林永振、陳榮士、林昭鼎、陳台煊、林進、陳清泉等人與日本官吏篠崎喜代吉（街長）於日治時期（1934）招募資金修建成現今模樣之美侖壯觀廟宇。1940年日本政府在台實施皇民化政策，當時順天宮重修董事篠崎喜代吉乃設法接洽配合日本「古義真言宗台灣開教計畫案」，申請加入為該案第34所關係寺廟，正式成立「台南州虎尾郡土庫庄土庫支部」成為「高野山大師教會支部」遂派群馬縣新田郡吉祥寺迎請觀世音菩薩神像至本宮正殿奉祀，天上聖母等神尊則暫退居至後殿供奉，順天宮才免遭日本政府損毀，直至1945年天上聖母才回歸正殿供奉，觀音菩薩則退往後殿奉祀。民國94年依據舊廟型式，保持原有風貌整修左右殿(三官大帝、文昌帝君殿)屋頂及神房。