大正 11 年（1922）6 月，由「鹽水港製糖株式會社北埔農場」主任嘉村忠吾發起、籌建之エカドサン延命地藏尊與木造的地藏堂落成，但昭和 20 年（1945），太平洋戰爭結束日本人離開臺灣，北埔農場之榮景不再，木造地藏堂因缺乏維護而逐漸破敗。 民國 49 年（1960），花蓮當地富豪許聰敏發現缺乏維護的エカドサン延命地藏尊，籌建了約 10 坪的普明寺，建築範圍即為今普明寺大殿。隔年證嚴上人在後院建造木屋作為修行與居住場所。民國 58 年（1969）證嚴上人離開普明寺，遷居至慈濟精舍。民國 69 年（1980），釋慧寶法師進駐普明寺，並在後院建造木屋作為女寮。民國 49-71 年（1960-1982），在這 21 年間普明寺並未進行大規模增改建，仍維持許聰敏當時籌建的模樣，直至民國 71 年（1982），大殿前修建了鋼筋混凝土造的誦經堂為止。民國 71 年（1982）後，因寺院迅速發展，原有空間不敷使用，又陸續興建五觀堂（齋堂）、女寮，會客室與辦公室，直至民國 90 年（2001）前後興建大寮（廚房）為止。 推測地藏王菩薩在建造之初應是與現在下方的臺座一併塑造，而普明寺建造之初應是在原有的地藏王菩薩像與基座旁邊再興建今日普明寺的建築。