鹿港新祖宮現今位於彰化縣鹿港鎮洛津裡埔頭街96號，興建於乾隆52年（西元1787年），與當時爆發的林爽文事件有所相關。 　　 乾隆52年（西元1787年）林爽文在臺起事，攻陷彰化，殺臺灣知府孫景燧、理番同知長庚、攝縣事劉亨基等人，清朝政府命令福康安為將軍率軍渡海平定亂事，最終於乾隆53年（西元1788年）2月平定林爽文事件，福康安感念保佑軍隊渡海的媽祖，於是上奏清朝廷，建請在鹿港地區興建媽祖廟，此舉同時也強調「媽祖助福康安渡過黑水溝來臺平亂」的平亂正當性，此廟即為現今的鹿港新祖宮。之後由鹿港日茂行的第一代主人林振嵩的捐輸下，在乾隆52年（西元1787年）12月開始建廟，根據「敕建天后宮碑記」所載，鹿港新祖宮之設由德明額負責，並於乾隆53年（西元1788年）奉迎媽祖神像入祀，是鹿港唯一一座由皇帝敕建之媽祖廟，為與較早建廟的天后宮做出區別，民眾稱之為「新宮」、「新祖宮」。後在嘉慶12年（西元1807年）、道光13年（西元1833年），鹿港新祖宮兩次在日茂行的負責人協助下進行重修。由於鹿港新祖宮為全臺唯一由皇帝敕建之媽祖廟，在清代即具有崇高的地位，廟旁更曾設置文武朝房作為往來文武官員暫時休息之所，傳言官員無論是到鹿港任職或者自鹿港登岸，都要先到鹿港新祖宮參拜，來臺任職的官員更會在這裡稍做停留再轉往他處。清代的歷次修建亦多由官員主導，並有鹿港郊商的參與。 官廟性質強烈的鹿港新祖宮，在日治時期曾由日本政府用作官廳或倉庫，其後於明治42年（西元1909年）由辜顯榮領收，並且將土地與廟宇歸還鹿港新祖宮，由民間接手管理，官廟性質從此轉為民間信仰。二戰後，廟宇破損嚴重，且兩廡被佔，直到民國44年（西元1955年）才進行廟宇的修建，之後於民國63年（西元1974年）再次修建，今日所見之格局為上述兩次大修之樣貌。民國68年（西元1979年）、民國69年（西元1980年）、民國84年（西元1995年）、民國93年（西元2004年）、民國100年（西元2011）、民國101年（西元2012年）分別進行過廟宇的增建與整修。 至於廟外則設有「文官下轎、武官下馬」碑，藉以提醒往來官民下馬步行入廟，以示崇敬，由於該下馬碑已於日治時期遭到破壞腰斬，現今「文武官員至此下馬」碑為民國94年（西元2005年）重建。