此單位前身為1939年（昭和14年）設立的「台灣總督府米榖局新竹事務所」，1942年（昭和17年）改為「台灣總督府食糧局新竹事務所」，設址於辦事處現址並新建辦公廳舍於此，該年2月16日舉行落成典禮，本辦事處即屹立於此處；1943年（昭和18年）再改為「台灣總督府農商食糧部新竹事務所」，光復後改名為「台灣省政府糧食局新竹管理處」，民國88年7月1日精省後改為「行政院農業委員會北區糧食管理處新竹辦事處」，民國93年1月30日改制為「行政院農業委員會農糧署北區分署」，即為現名「行政院農業委員會農糧署北區分署新竹辦事處」。