1621年，船戶劉定國自湄洲天妃廟恭請媽祖祖聖像隨船護佑來臺，途經笨港，媽祖顯聖指示：永駐此地。從此笨港居民輪流奉祀，稱之為「船仔媽」。 清康熙三十九年（西元1700年），笨港居民於笨港溪南方鳩資建廟，稱之為「天后宮」。直到嘉慶年間，笨港溪幾度氾濫成災，湮沒笨港街市，笨港天后宮岌岌不保，當時住持僧景端師父，護持廟中神像、文物遷移到地勢較高的「蔴園寮」（即現今新港）。 當時自笨南港遷移而來的居民，本著飲水思源的觀念，將蔴園寮改稱為「笨新南港」，並擇定於「白鶴穴」上建廟，重立笨港人的精神中心——笨港媽祖廟。此地為當時何姓人家所有，何姓先人慨然捐地建廟，歷經十二年，於嘉慶十六年（西元1811年）新廟峻工落成，由當時水師提督將軍王得祿奏請皇帝，御賜宮名：奉天宮。從此，笨港媽祖的香火得以在新港地區綿延不絕，現今已成為臺灣媽祖的信仰中心之一。 據學者專家考證，認為笨港是漢人最早到臺灣開發的地區，奉天宮船仔媽旋即由善信稱之為「開臺媽祖」。因此，奉天宮歷史自十七世紀至今，已有三百七十七歷史；若從建廟算起，也有一百八十七年。 三百七十六年以來，不少海內外信徒到奉天宮朝拜，乃至恭請奉天宮媽祖回家供奉；至今，新港奉天宮的信徒遍及各地。 而新港奉天宮的「媽祖會」據記載有兩百多年的歷史，並以地主與佃農的方式來組成，地主為媽祖會會長；佃農則為其會員，每年利用媽祖會過爐的時間地主來宴請佃農，並商議年明年租佃方式，現今媽祖會員們平時都各有自己的工作，但每當媽祖出巡繞境時，一定放下身邊的工作來當媽祖的「轎腳」。正月十五日當天，上午神轎已由各媽祖會的會員們扛進廟裡整飾，準備下午一點的繞境活動。這時新港街面四村的各廟宇和神壇，也都在準備和媽祖一起出巡繞境之事，對新港人來說一年一度的元宵繞境意義是很重大的，這樣的活動由古笨港時期流傳至今將近有四百多年的歷史。