五穀宮之興建，主要源自大正8年(1919)流行病猖獗，各地為壓制流行病毒，遂盛行奉祀三恩祖。當時，原居苗栗大湖後移墾至南隆農場六寮的羅阿東先生，亦自大正9年(1920)庚申年2月起於家中奉祀紙繪的三恩祖像。 大正12年(1923)6月24日先以羅阿東先生正堂，開光登位，後推羅阿東先生為堂主，羅正保先生為司香，每逢初一、十五各聚落信徒即至該所參香禮拜。 二次世界大戰期間，台灣總督府發起皇民化運動，並企圖消滅台灣人的宗教信仰，下令燒卻民眾信仰的各種神像，摧毀庵堂、土地伯公。二次世界大戰戰況劇烈期間，打狗醫院（今高雄市立民生醫院）疏散到五榖宮治療病傷人員，至1945年二戰後才遷回高雄。 現雖經過歷次整修，但仍保有部分古意盎然的建築形式，以及民國5、60年代以來特有的裝潢趣味。