延平郡王祠（含鄭成功文物館）雖是1960年代完成的建築作品，但相關祭祀行為可能在入清之前即已出現。而日治及戰後兩個時期，因高度重視鄭成功相關事蹟與祭祀活動，使延平郡王祠這個空間場域與建築體快速變化。 一、鄭氏時期～1874年（清同治十三年）的「開山王廟」： 原位於今延平郡王祠的中軸線後端，1874年（清同治十三年）沈葆楨等人上奏，改建為祀典廟宇延平郡王祠。 二、清領後期（1875年～1894年）為「明延平郡王祠時期」： 一棟三進、東西兩廡的福州式樣建築，特色於正殿兩側的「僧帽式馬鞍形」馬鞍牆。今正殿正門上方及左側，有准許興建的相關文書抄錄並製成的匾額。 三、日治「開山神社時期」（1895年～1945年）： 1897年（明治三十年）1月13日延平郡王祠以「開山神社」成為總督府在臺設立的第一座神社，唯一由本土信仰廟宇「升格」的神社。1914年（大正三年）8月新建許多日式風格建築設施。1939年（昭和十四年）年底原神社南邊興建「流造」式樣的日式神社，1941年（昭和十六年）4月26日舉行遷座祭典。 四、戰後「延平郡王祠時期」（1946年～）： 開山神社在戰後1946年（民國三十五年）改稱為「延平郡王祠」，隸屬臺南市政府教育科管轄。1949年（民國三十八年）因國民政府遷臺，次年8月蔣介石總統即頒贈「振興中華」匾額，象徵鄭成功為「民族英雄」。 為了慶祝1961年（民國五十年）鄭成功來臺三百週年，於1963年（民國五十二年）12月12日延平郡王祠拆除，全面改建為華北官式樣貌，於1964年（民國五十三年）6月17日竣工，包含1965年（民國五十四年）竣工的東南側紀念館，呈中國建築特色融入現代建築，定名「臺南市民族文物館」，奠定今歷史建築本體之樣貌。 延平郡王祠及整個園區景觀，在2000年（民國八十九年）後進行幾次修繕工作，紀念館於1976年（民國六十五年）陸續增建與整修，至2002年（民國九十一年）再進行修繕後，隔年（2003）更名為「鄭成功文物館」。因應本市博物館及地方文化館數量年增加，鄭成功文物館獲文化部博物館旗艦計畫支持，於2022年（民國一百一十一年）9月1日起升格為臺南市立博物館。