1900（明治 33）年日籍學者鳥居龍藏進行埔里社人類學調查時，於烏牛囒高 丘（即為大馬璘考古遺址所在台地）發現石器時代考古遺物（鳥居龍藏 1900）。 日治末期，鹿野忠雄在討論台灣史前文化地位，指出此一考古遺址所代表的文化， 還指出遺址的文化大致屬於西海岸系統，但也間有東海岸系統，從大馬璘考古遺 址出土石料，推定大馬璘考古遺址與東海岸之間，曾經有著透過中央山脈而互相 交通的關係（宋文薰譯 1955：104）。 1948 年 8 月，宋文薰進行大馬璘考古遺址的考古調查工作，採集所得的陶片中有二件為黑色彩繪網紋陶片，國分直一據此闡述營埔與大馬璘考古遺址為同 一系統之先史文化遺留（宋文薰譯 1956）。 1949 年 7 月中央研究院歷史語言研究所與國立台灣大學考古人類學系組成 發掘研究團隊，在「林氏學田」的資助之下，對遺址進行較大規模的考古研究工作，發現大量的石器、陶器等文化遺物，以及灰坑、石棺及類似建築的砌石牆、 鋪石地面等遺跡（石璋如 1953，石璋如、劉益昌 1987）。 1970 年代「濁大計劃」進行濁大流域考古研究調查時，大馬璘考古遺址為該 計畫選定之重要研究遺址，Richard B. Stamps（尹因印）進行小規模發掘研究及年 代測定（Stamps 1977），所得資料為濁大計劃建立黑陶文化研究之重要基礎資料， 計畫主持人張光直以大馬璘考古遺址、洞角考古遺址、營埔考古遺址出土資料所 見灰黑陶特徵而建立中部史前文化層序中的灰黑陶文化，其中並以大馬璘考古遺 址為代表稱為大馬璘式黑陶文化（張光直 1977：424）。 1986 年中央研究院歷史語言研究所為完成 1949 年進行的大馬璘遺址發掘資 料之整理，因此派遣劉益昌前往大馬璘遺址及其周邊區域進行考古調查，除觀察 遺址之現狀外，並採取部分標本做為比對研究之用（石璋如、劉益昌 1987）。 1992 年內政部、文建會委託中國民族學會的「台灣地區重要考古遺址初步 評估第一階段研究」計畫，大馬璘考古遺址被考古學者選定為台灣地區重要考古 遺址之一，並建議儘速規劃部份地區進行現址保存並應指定為古蹟（宋文薰等 1992）。2004 年內政部主政文化資產古蹟類別時期委請中央研究院歷史語言研究 所進行南投縣考古遺址普查，大馬璘考古遺址資料表中亦提出本遺址與已定等古 蹟同等重要之評估意見（劉益昌等 2004：0802-TML-4）。 1996 年埔里高中因為興建女生宿舍之需，在梅村路旁一塊素地擬議興建， 因此在埔里地方人士協調之下進行工程前之考古搶救發掘，這是大馬璘遺址第一 次進行考古搶救發掘，也是首次進行塊狀區域發掘工作，獲得石板棺與建築基地 之關係，確認文化層生活面與埋葬行為的關連（劉益昌 1998、2000a）。 2000 年因財團法人埔里基督教醫院進行院區醫療大樓之施工工程而委託劉 益昌進行考古搶救工作，也發掘出土豐富的陶、石器及灰坑、火塘、柱洞、石板 棺、石器作坊等重要遺跡（劉益昌 2000b 未刊稿）。2006-2007 年由於大馬璘段 地號 330 等四筆土地為興建私人住宅，在經進行調查研究後，確認局部區域文化 層厚實，發現該基地具有相當豐富的文化遺物與遺跡（劉益昌 2007）。 2003-2004 年埔基醫院委託國立自然科學博物館進行埔基醫院醫療大樓第四 期工程（A 棟）的 B 區進行考古搶救，共計發掘 70 個 2 公尺×2 公尺共計 280 平 方公尺的面積，該次發掘更加確認遺址為一個橫跨新石器時代中、晚期的大型聚 落，佔居時間長達 2500 年，並確認具有中部牛罵頭文化成分、東部卑南文化成分、中部營埔文化成分與大馬璘遺址傳統文化成分（何傳坤、劉克竑 2004）。 2008 年在大馬璘考古遺址南側的邊緣，執行「大馬璘遺址射箭中心開發基 地範圍內影響評估考古探坑發掘研究計畫」，計畫評估區域為埔里鎮愛蘭里大馬 璘段 989-997 地號等九筆土地，經發掘發現其地層史前文化層完整、史前遺跡現 象豐富，實應就遺址指定與現地保存進行規劃。本案同時指出大馬璘考古遺址考 古學術研究意義經近年來研究，更進一步確認為大馬璘文化之命名遺址，具有史 前時期東西交通往來之特殊意義，其重要性已等同於國定遺址（劉益昌 2009）。 2012 年與 2013 年國立自然科學博物館搶救發掘「埔里基督教醫院長照教學 大樓」，根據試掘結果，可知此區在史前時代確實屬於大馬璘考古遺址的一部分， 有明顯的大馬璘史前文化層，而且在保存情況較良好的區域，有不少史前遺跡， 包括礫石列結構、礫石鋪面、豎立板岩結構等建築結構，以及 2 具小型石板棺， 出土史前遺物的數量與密度相當高（劉克竑 2013、2014）。