海印寺後殿約於民國60年代（1970s）新建，被稱為大雄寶殿，供俸三寶佛，目前之建築為民國102年（2013）改建後之全新樣式。 三寶佛指的是毗盧遮那佛、釋迦佛及盧舍那佛，按一般中國佛寺的傳統，寺廟中之主殿稱為大雄寶殿，然在海印寺，因後殿供佛陀，故稱它為大雄寶殿。建築分為上、下兩層，上層為主殿，作為祭祀使用，下層則有「安心石」及「安心石室」。大雄寶殿下方的安心石，原為海印寺建廟前廟地裡的一塊花崗岩巨石，相傳撫摸石頭，可獲得無上能量；「安心石室」目前則為海印寺相關文物展示室，包括歷次整建所使用的建材、明代遺留下來的花崗岩，以及眾多佛教書畫等。