新莊地區約於康熙四十八年（1709）有諸羅縣知事宋永清發給陳賴章墾號請墾淡水大佳臘荒埔的告示，開墾範圍包括臺北平原大部分，其中亦有新莊地區，此告示即為文字記載之最早從事新莊墾拓的漢人墾戶，康熙四十九年（1710）官兵駐防北臺防止海盜，為新莊製造安全的生活環境，更吸引了大批外地移民來此拓墾，康熙五十二年（1713）此地已開鑿圳道，闢為水田，康熙末年新莊平原逐漸進入水田化及農業生產化，使此地繁榮發展，形成市街。 雍正年間因移墾居民生活安定，地方人士亦有財力建造廟宇，故於雍正七年（1729）創建慈祐宮，雍正九年（1731）竣工，另於乾隆十八年（1753）題額「慈祐」。乾隆二十五年（1760）因廟務無人主持，故延聘臨濟宗第三十八世「志修」懷公和尚為主持僧，是新莊慈祐宮之開山祖。 民國七十四年（1985）新莊慈祐宮列為臺閩地區第三級古蹟。