澎湖島廳最初設置水上警察署，負責澎湖水上警務的取締；隨著明治29 年（1896）地方官制第26 條的規定及總督府的要求，於媽宮城南町改設澎湖水上警察分署。而明治30（1897）年的改制，澎湖的隘門、小池角、大赤崁及網垵皆由原先的警察分署升格為警察署，時廳長伊集院兼良行文總督府，提出將水上警察分署升格為警察署之議，但未被採行。明治31 年（1898）地方實施辨務署制度之後，澎湖廳以告示43 號重新制訂廳下各警察官吏派出所的位置、名稱及巡邏區域，此時已裁撤的澎湖水上警察分署改設為水上警察官吏派出所，隸屬媽宮出張所管轄。往後隨著地方行政組織的變遷，「水上警察官吏派出所」前後隸屬澎湖廳、澎湖郡或馬公支廳管轄，但基本上其制度未有太大的變動而延續至終戰為止。