金瓜石神社是日治時期臺灣總督府為了殖產所創建的神社，由於初期金瓜石鑛區開採，招聘了許多跨海而來的日籍員工，基於鑛區的危險性高，及日籍從業人員對本國神道神衹信仰的需求，於是在最早開採的本山第一坑，「金瓜石岩脈絕頂，東側小平地」建築山神社（即金瓜石社），由當時的日本殖產事業經營者田中組，於明治三十年（1897年）10月15日開始鑛業營運及設立「金瓜石田中鑛山事務所」，其代表人為「田中長兵衛」，並著手興建金瓜石神社，祭祀日本神衹大國主命、猿田彥命、金山彥命。而金瓜石的神社鎮座時間為明治三十一年（1898年）3月2日鎮座落成。 在田中組將金瓜石神社建築完成後的第38年，礦區易主給日本鑛業株式會社，並興修重建作為鑛區守護山神的神社建築。神社的重建計畫，開工時間為昭和十一年（1936年）4月20日，神社重建落成應為昭和十二年（1937年）7月。 臺灣二戰後，日本鑛業株式會社在金瓜石的礦業產權，由國民政府接收。臺日斷交以後，民國六十三年（1974年）「清除臺灣日本帝國主義優越感之殖民統治紀念遺跡要點」，其中的第一項內容為「日本神社遺跡，應即徹底清除。」因此， 在國家政策指示下，全臺近200座神社遭到拆除或改建，而金瓜石神社亦無可倖免，除了在二戰初期無人管理的情況下被破壞盜取，其他設施建造物於此期間遭受拆除、毀損或建造物上的字跡抹除等。 民國九十三年（2004年）11月4日金瓜石黃金博物園區正式開園，開館營運之後，開始以明確礦業文化主題與生態博物館經營向度，發展在地文化、生態旅遊等，以吸引遊客到訪。而在二戰後廢除的金瓜石神社，其神社舊址連結成為黃金博物館園區周邊礦業文化資源。