大正5年(1916年)靈泉寺著手靈泉三塔的興建工事，準備作為供奉開山和尚善智上人的舍利塔。工程自 大正5年(1916年) 7 月始，迄 大正6年(1917年) 9 月落成。曾於昭和10年(1935年)再次重修，但此次修建缺乏史料，無法了解修建內容為何。 約民國43年(1954年)左右，由於信眾對於靈骨塔位進塔的需要，已經超出原本的負荷，於是進行了增建二樓的工事，直接在原本一層樓的紅磚構造上添加新構造體，並將原有三塔屋頂上方的欄杆、三寶塔向上移位提升。還有增設塔前方拜位的拜亭，以及三塔前埕的庭園造景等。