燕南書院暨太文巖寺舊址，位在金門千戶所城北門外太文山（即燕南山）。在清林焜熿《金門志》中轉引《滄海瑣錄》之記載提及「燕南書院在浯洲，宋時建，今莫詳其蹟。」相傳書院為朱熹所建，並在元末明初圮廢；太文巖寺位於太文山，興建時間約於元末明初，關於太文山在清《金門志》〈分域略〉有相關記載，而關於寺廟則在明末鄉賢盧若騰《留庵詩文集》書中收錄之〈太文巖貴人設醮〉曾提及，在清《金門志》中關於太武巖寺之說明中，亦曾提及其地理位置並可知在清同治年間已廢。後在《新金門志》中關於太文巖寺內文中增列「前清光緒已卯重建，俗稱燕南宮，已廢。」於此可知，燕南書院在元末明初時已廢、此時在太文山（即燕南山）興建太文巖寺，寺廟於明末時仍建在、於清同治年間廢，後於清光緒5年（1879）重修。民國16年（1927）亦曾重修，國軍駐金期間遭拆除，拆卸之材料建中山臺，原址改建為雷達站，寺廟之構件不復存在。民國97年至100年（2008-2011）金門縣文化局於原址進行重建，中殿之太文巖寺主祀黑面清水祖師，後殿為朱子殿，奉祀朱文公、文昌帝君、魁星爺。此重建工程為過去在戰事中遭破壞的文化資產作補救，對金門深具歷史文化意義。