1896年（明治二十九年）興盛的行郊進行改組，當時的神農街周遭街道，仍擁有連接於港道的曲巷或直巷，直至1911年（明治四十四年）因市區改正計畫，原為經濟貿易轉運集散中心府城的「五條港區」，已成市街商業發展的邊陲地帶。迨至1941年（昭和十六年），三郊組合併於「臺南商工會議所」，正式宣告結束。 《臺南州寺廟臺帳》及《臺南州祠廟名鑑》記載，本廟創立於1830年（清道光十年），當時居於北勢街（今神農街）許姓里人七十餘名自家鄉福建海澄攜帶來臺的文衡聖帝供奉於一般民宅中，尚末成廟。 1874年（清同治十三年），許修德購得民屋（今神農街74號）奉祀，1888年（清光緒十四年）同街許姓里人捐獻重修，至此方有正式的廟宇成立。1913年（日大正二年）第三十一保保正許藏春為發起捐金將廟遷移至正對面現址。 根據曾居住於金華府旁（神農街69號）居民所述，約1947年至1948年（民國三十六年至三十七年），金華府進行另一次較大幅度的整建而成現今之規制與格局。2002年（民國九十一年）底，因進行金華府緊急修復工程，故神像暫時奉祀於行館（神農街57號）。 昔日金華府維持區及維持者數目為直轄西區神農街居住者內的許姓居民，由於許姓信徒後代多數已遷移至他處，今日之信徒成員則以外姓為主。 廟方的運作上，據《臺南州寺廟臺帳》記載，日治前廟宇財產用作日常廟務維持與祭祀費用，不足部分由信徒捐助，每年三次，每次約十錢至三十錢。至 1913年（大正二年），維持費用改由信徒支付，剩餘款項投入同年金華府的改建之用。今日廟宇的運作，特別是慶典時，則由信徒自由捐獻。而管理人選任以召集全部信徒，即由許姓四、五人發言推選，如得同意，隨即決定為管理人。 金華府多年來一直保有其地方性廟宇的古樸風貌，也見證了五條港區發展的變遷，有其特殊的歷史價值，至2002年（民國九十一年）12月26日指定為市定古蹟。