社頭清水岩寺約創建於雍正6年（西元1728年），懇主蕭東生於武東堡許厝寮莊之觀音坪改茅草工寮為寺，奉祀佛祖香火，當時確切寺址已不可考。乾隆初年第一代住持悟意禪師開始募款建寺，乾隆10年（西元1745年）由朱文玉發起興建茅竹構造之寺宇，並移址於觀音坪。該寺址位於現今清水岩寺所在地上方山坡地，也就是當地居民稱之「挑鹽古道」半路上，供奉釋迦牟尼佛及南海觀世音。 　　 乾隆23年（西元1758年）第二代住持覺通禪師，與仕紳共同修建寺宇，將清水岩遷至現址。寺內主祀釋迦牟尼佛、阿彌陀佛、藥師琉璃光佛，此三尊佛像代表「佛、法、僧」之三寶佛，也是臺灣最先供奉三寶佛之佛寺。嘉慶4年（西元1799年）先築三間瓦棟，後加兩廊，且增加奉祀十八羅漢，此時稱「清水岩觀音亭」，之後於嘉慶24年（西元1819年）重修。 清水岩現今古蹟本體係於光緒5年（西元1879年）拆除舊有建築重建，於2月6日卯時興工動土，至光緒10年（西元1884年）11月16日落成。同年，當時住持欲標禪師，亦邀集仕紳等為寺內裝修，正殿佛龕極可能建於此時，此時古蹟本體包括正殿、三川殿、左右檐廊，以及後來遭改建之左右過水廊與梢間、第一期左右護龍至此完成。後在大正7年至大正9年（西元1918年至西元1920年），則增長護龍，以及增設左右過水門，圍塑日、月（龍、虎）兩天井，完成清水岩寺兩殿兩廊兩護龍三院格局，此一格局一直維持至民國65年（西元1976年）改建為止。 二戰後，民國43年至民國44年（西元1954年至西元1955年）正殿前天井邊之六支木柱，因年久失修腐朽，基於結構支撐的考量，由擔任建築委員長蕭昌垣與社頭鄉鄉長蕭如謙共同發起改建成鋼筋混凝土龍柱；民國52年（西元1963年）改建左右檐廊、過水廊與梢間為鋼筋混凝土平頂建築、在左右過水廊與梢間前增祀地藏王菩薩及藥師王菩薩；民國57年（西元1968年）修建內外埕之石板鋪面及石欄杆；民國59年（西元1970年）修建內埕金爐。民國64年（西元1975年）經內政部公告為第三級古蹟，民國65年（西元1976年）住持釋禪輝禪師策劃並動工改建左右護龍為鋼筋混凝土斜屋頂建築，並聘請柯奐章、柯天賜重新施作木構件彩繪；民國73年至民國75年（西元1984年至西元1986年）寺內整修地坪鋪面，並再度重修屋頂，三川殿前則增建鋼筋混凝土拜亭及涼亭，將原有清水岩寺改觀，因建築改建幅度過大，民國76年（西元1987年）經內政部函示取消古蹟資格，但寺方管理單位仍積極爭取恢復古蹟資格；民國83年（西元1994年）則再次進行局部屋頂整修，至民國92年（西元2003年）由彰化縣政府重新指定為縣定古蹟。民國98年（西元2009年）展開修復工程，並於隔年完成修復。